先天性角膜营养不良可能导致视力下降甚至失明，其严重程度与类型、进展速度及干预时机有关。主要影响因素包括角膜基质混浊程度、上皮反复糜烂频率、基因突变类型、是否合并其他眼疾以及治疗依从性。
1、类型差异：
颗粒状角膜营养不良早期仅表现为轻度眩光，而格子状或斑块状类型可能在青少年期就出现显著视力障碍。部分罕见类型如先天性遗传性角膜内皮营养不良，可在婴幼儿期引发角膜水肿导致失明。
2、混浊进展：
角膜基质中异常物质沉积会逐渐加重混浊，当中央光学区受累超过70%时，矫正视力常低于0.1。上皮基底膜缺陷引发的反复糜烂可加速瘢痕形成，这种机械性损伤是视力恶化的关键因素。
3、基因特征：
TGFBI基因突变导致的显性遗传类型进展较慢，而SLC4A11基因相关的隐性遗传型往往更严重。特定突变位点如R124H与角膜知觉减退相关，会间接影响角膜保护机制。
4、并发症风险：
继发感染性角膜炎可使病情急剧恶化，合并青光眼或白内障时视力预后更差。儿童患者可能因弱视加重最终视功能损害，需在6岁前进行光学矫正。
5、干预效果：
早期使用高渗滴眼液可延缓基质水肿，硬性角膜接触镜能改善不规则散光。穿透性角膜移植术后10年存活率约70%，但部分患者仍会出现移植排斥或原病复发。
